BBa_J70634
1
BBa_J70634
Upstream genomic DNA fragment of Mesoplasma florum for recombination experiment
2010-11-01T12:00:00Z
2015-05-08T01:08:25Z
PCR from the M. florum genome.
Primers:
* ttccgaattcgcggccgcttctagag tccaaatagtgtggatac,Mfl2I-up-F
* ttccactagtaaagacatctatgtttttttac,Mfl2I-up-R
Approximately 450 bp upstream DNA fragment of M. florum genome from sites 352951-353409 intended as a recombination site for homologous recombination, removing the restriction enzyme and methylase from M. florum.
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Avoidance of biobrick restriction sites, possible primer binding sites.
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Tom Knight
BBa_J70025
1
BBa_J70025
Promoter for tetM gene, from pBOT1 plasmid, pAMbeta1
2008-10-19T11:00:00Z
2015-05-08T01:08:20Z
pBOT1 plasmid PCR. pBOT1 from J. Renaudin. Original sequence is part of pAMbeta1 tetracycline resistance plasmid.
Upstream promoter for tetM gene; contains a short peptide leader, regulatory sequences which are poorly understood. Use in combination with J70024.
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Alignment of the promoter with the coding region, preservation of the RBS sites.
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Tom Knight
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leader peptide
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rbs
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BBa_S04546
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Tom Knight
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BBa_J70635
1
BBa_J70635
Downstream genomic DNA fragment of Mesoplasma florum for recombination experiment
2010-11-01T12:00:00Z
2015-05-08T01:08:25Z
PCR from the M. florum genome. Primers:
* ttccgaattcgcggccgcttctagag gagattattatggcaaaag,Mfl2I-dn-F
* ttccactagtagtaatatgagtaaattcac,Mfl2I-dn-R
Recombination site downstream of the restriction enzyme and methylase of M florum.
700 bp fragment between 356063-356763.
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no biobrick restriction enzyme sitss, primer binding
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Tom Knight
BBa_J70024
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BBa_J70024
TetM gene, recoded compromise E. coli & Mesoplasma florum
2008-10-19T11:00:00Z
2015-05-08T01:08:20Z
Synthesized from the Ureaplasma urealyticum tetM gene sequence, with recoding.
The tetM antibiotic resistance gene synthesized by Geneart from a protein sequence derived from the Ureaplasma urealyticum tetM gene. Synthesized with a compromise codon usage table for expression in both E. coli and Mesoplasma florum. Highly active in both E. coli and Mesoplasma florum.
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Elimination of restriction sites, CGG codons, UGA codons, rare codons in both species.
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Tom Knight
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tetM gene
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BBa_J70028
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BBa_J70028
tetM tetracycline resistance cassette
2008-11-04T12:00:00Z
2015-05-08T01:08:20Z
Assembled from J70025, J70024
J70025 (pBOT1 tetM promoter upstream region) + J70024 (recoded tetM gene from Geneart plasmid construction)
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Tom Knight
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BBa_J70024_sequence
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BBa_J70028_sequence
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ggccagtctacatgtactctttttgataaaaaattggagattcctttacaaatatgctcttacgtgctattatttaagtgactatttaaaaggagttaataaatatgcggcaaggtattcttaaataaactgtcaatttgatagcgggaacaaataattagatgtccttttttaggagggcttagttttttgtacccagtttaagaatacctttatcatgtgattctaaagtatccagagaatatctgtatgctttgtatacctatggttatgcataaaaatcccagtgataaaagtatttatcactgggatttttatgcccttttgggtttttgaatggaggaatactagatgaaaatcataaatatcggtgtattagctcacgttgatgcaggaaaaacaacattaactgaatcacttttatataactctggtgcaattactgaacttggttcagtagataaaggtactactcgtactgataatacattattagaacgtcaacgtggaatcacaattcaaacaggtatcacatcttttcaatgggaaaatacaaaagtaaatattatagatacacctggacacatggatttccttgcagaagtataccgtagtctttcagtattagatggtgctattttacttatcagcgctaaagatggagttcaagctcaaactcgtatcttatttcacgcattacgtaaaatgggtattccaacaattttctttataaacaaaattgaccaaaacggaattgatttaagtacagtttatcaagatatcaaagaaaaactttctgctgaaatcgttattaaacaaaaagttgaattatacccaaacgtttgcgtaacaaattttactgaatcagaacaatgggatacagttatagaaggtaatgatgatttattagaaaaatacatgtcaggtaaatcattagaagcattagaattagaacaagaagaaagtattcgtttccaaaactgttctttattccctttataccatggaagcgctaaaagtaacataggtattgataacttaattgaagttattactaacaaattttactcttcaactcatcgtggtccttctgaattatgcggtaacgttttcaaaattgaatatacaaaaaaacgtcaacgtttagcttatatacgtctttatagtggtgttttacatttacgtgatagtgttcgtgttagtgaaaaagaaaagattaaagttacagaaatgtatacttctattaacggtgaattatgcaaaattgaccgtgcatattcaggtgaaattgtaattttacaaaacgaatttcttaaacttaatagtgtacttggtgacacaaaacttttaccacaacgtaagaaaattgaaaatccacacccattacttcaaacaacagtagaaccaagcaaacctgaacaacgtgaaatgcttttagatgctcttttagaaattagtgactctgacccacttttacgttactatgtagattctactactcatgaaattattctttctttccttggtaaagttcaaatggaagttatttctgcattattacaagaaaaatatcatgttgaaatcgaattaaaagaacctactgtaatttatatggaacgtccattaaaaaatgctgaatatacaattcatattgaagttccaccaaatccattttgggcttctattggtctttctgtttctccacttccacttggtagcggaatgcaatatgaaagtagcgtaagtttaggttatcttaatcaaagtttccaaaacgcagttatggaaggtattcgttacggttgcgaacaaggtttatacggttggaatgttacagactgcaaaatctgttttaagtatggactttactattcacctgtatcaacacctgctgactttcgtatgcttgcaccaattgttttagaacaagttttaaagaaagctggaactgaacttttagaaccatacctttcttttaaaatctatgcaccacaagaatacttaagtcgtgcttataacgatgcacctaaatactgtgctaatattgttgatactcaattaaagaacaacgaagtaattttaagcggagaaattcctgcacgttgtattcaagaatatcgtagtgatttaacatttttcactaatggacgttctgtttgcttaactgaattaaaaggttatcatgttactactggtgaacctgtatgccaaccacgtcgtcctaatagtcgtattgataaagttcgttatatgttcaacaaaatcacataa
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tccaaatagtgtggatactgaactacttttaaatgacttgcaagctttaaaagactatcaaccaatcaaggtgccggtttatgattttaaaacttcttcaagaaccaaagaaacaattacagttaaacctagtgatgttgtaatacttgatggaatttttgcactagctattaaagagattagaaaacttggagatatcaaaatttttataaaaacagctaatgatttaaggtttattagacgtttacaaagagatgtaaatgaaagagggagaactttagaaagtgttgttgaacaatacttaaatgaagttaaaccaatgcatgatgcatttattgggccaagtattgaatacgctgatttaataattccttataaagaggggaatgaagttgcagttgatttagtagcaactaaaatattaacattgttaacagagtaaaaaaacatagatgtctttactagagggccagtctacatgtactctttttgataaaaaattggagattcctttacaaatatgctcttacgtgctattatttaagtgactatttaaaaggagttaataaatatgcggcaaggtattcttaaataaactgtcaatttgatagcgggaacaaataattagatgtccttttttaggagggcttagttttttgtacccagtttaagaatacctttatcatgtgattctaaagtatccagagaatatctgtatgctttgtatacctatggttatgcataaaaatcccagtgataaaagtatttatcactgggatttttatgcccttttgggtttttgaatggaggaatactagatgaaaatcataaatatcggtgtattagctcacgttgatgcaggaaaaacaacattaactgaatcacttttatataactctggtgcaattactgaacttggttcagtagataaaggtactactcgtactgataatacattattagaacgtcaacgtggaatcacaattcaaacaggtatcacatcttttcaatgggaaaatacaaaagtaaatattatagatacacctggacacatggatttccttgcagaagtataccgtagtctttcagtattagatggtgctattttacttatcagcgctaaagatggagttcaagctcaaactcgtatcttatttcacgcattacgtaaaatgggtattccaacaattttctttataaacaaaattgaccaaaacggaattgatttaagtacagtttatcaagatatcaaagaaaaactttctgctgaaatcgttattaaacaaaaagttgaattatacccaaacgtttgcgtaacaaattttactgaatcagaacaatgggatacagttatagaaggtaatgatgatttattagaaaaatacatgtcaggtaaatcattagaagcattagaattagaacaagaagaaagtattcgtttccaaaactgttctttattccctttataccatggaagcgctaaaagtaacataggtattgataacttaattgaagttattactaacaaattttactcttcaactcatcgtggtccttctgaattatgcggtaacgttttcaaaattgaatatacaaaaaaacgtcaacgtttagcttatatacgtctttatagtggtgttttacatttacgtgatagtgttcgtgttagtgaaaaagaaaagattaaagttacagaaatgtatacttctattaacggtgaattatgcaaaattgaccgtgcatattcaggtgaaattgtaattttacaaaacgaatttcttaaacttaatagtgtacttggtgacacaaaacttttaccacaacgtaagaaaattgaaaatccacacccattacttcaaacaacagtagaaccaagcaaacctgaacaacgtgaaatgcttttagatgctcttttagaaattagtgactctgacccacttttacgttactatgtagattctactactcatgaaattattctttctttccttggtaaagttcaaatggaagttatttctgcattattacaagaaaaatatcatgttgaaatcgaattaaaagaacctactgtaatttatatggaacgtccattaaaaaatgctgaatatacaattcatattgaagttccaccaaatccattttgggcttctattggtctttctgtttctccacttccacttggtagcggaatgcaatatgaaagtagcgtaagtttaggttatcttaatcaaagtttccaaaacgcagttatggaaggtattcgttacggttgcgaacaaggtttatacggttggaatgttacagactgcaaaatctgttttaagtatggactttactattcacctgtatcaacacctgctgactttcgtatgcttgcaccaattgttttagaacaagttttaaagaaagctggaactgaacttttagaaccatacctttcttttaaaatctatgcaccacaagaatacttaagtcgtgcttataacgatgcacctaaatactgtgctaatattgttgatactcaattaaagaacaacgaagtaattttaagcggagaaattcctgcacgttgtattcaagaatatcgtagtgatttaacatttttcactaatggacgttctgtttgcttaactgaattaaaaggttatcatgttactactggtgaacctgtatgccaaccacgtcgtcctaatagtcgtattgataaagttcgttatatgttcaacaaaatcacataatactagaggagattattatggcaaaagaagtaaaatatgatgaatcggccattcaggtccttgaaggtttagaagctgttagaaaacgtccagggatgtatattggttcaactgatgttagaggactacaccacttagtatgagaaattgtagataactcaatcgatgaagctttagcaggatattgtacagaaattaacgtaactttagaaaaaaatggaagtgttactgtcgctgataatggtcgtggagttccaattgggatgcactcaacaggaagaccaacacctgaagttatttttagtgtacttcatgctggaggaaaatttggtggaagtggttataaaacatctggaggacttcacggagttgggtcatctgttgttaatgctttatctaaaaaatttaatgttacaatttatcgtgataaaaaagttaatgaaattgaatttactaatggaggaaaattaaatattcctttaacagaagttggaacaactaacaaaactggtactgttgttaacttcttaccagatgattcaatttttaatactacaaaatttaacttcacaacaattagtgaaagattaaaagaatcagctttactaaactcaggtttaaaaattacaatatcagacaaagttaatgataagtttgttgaatatcaatttgaaaatggtttagtagagtttgttaaggaattatcaag
BBa_J70025_sequence
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ggccagtctacatgtactctttttgataaaaaattggagattcctttacaaatatgctcttacgtgctattatttaagtgactatttaaaaggagttaataaatatgcggcaaggtattcttaaataaactgtcaatttgatagcgggaacaaataattagatgtccttttttaggagggcttagttttttgtacccagtttaagaatacctttatcatgtgattctaaagtatccagagaatatctgtatgctttgtatacctatggttatgcataaaaatcccagtgataaaagtatttatcactgggatttttatgcccttttgggtttttgaatggaggaa
BBa_J70634_sequence
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tccaaatagtgtggatactgaactacttttaaatgacttgcaagctttaaaagactatcaaccaatcaaggtgccggtttatgattttaaaacttcttcaagaaccaaagaaacaattacagttaaacctagtgatgttgtaatacttgatggaatttttgcactagctattaaagagattagaaaacttggagatatcaaaatttttataaaaacagctaatgatttaaggtttattagacgtttacaaagagatgtaaatgaaagagggagaactttagaaagtgttgttgaacaatacttaaatgaagttaaaccaatgcatgatgcatttattgggccaagtattgaatacgctgatttaataattccttataaagaggggaatgaagttgcagttgatttagtagcaactaaaatattaacattgttaacagagtaaaaaaacatagatgtctt
igem2sbol
1
iGEM to SBOL conversion
Conversion of the iGEM parts registry to SBOL2.1
Chris J. Myers
James Alastair McLaughlin
2017-03-06T15:00:00.000Z